Histórico (IBGE)
No início denominava-se Jaboatã, nome cuja origem está dividida em duas correntes de opinião. Uma corrente afirma que Japoatã advem de Frei Jaboatão que dirigindo um grupo de franciscanos fundou um convento e uma igreja no lugar Riacho do Meio com a finalidade de catequizar o cacique Pocatuba e sua tribo. Outra corrente apresenta uma versão que tem como ponto comum a catequese dos indígenas, porém, afirmando que foram os jesuítas e não os franciscanos que fundaram a Missão Riacho do Meio, onde fundaram um convento no morro Jaboatão e perto do Monte Cruzeiro de Pedra uma igreja sob o orago de Nossa Senhora das Agonias, sendo os mesmos substituídos pelos franciscanos após a expulsão daqueles pelo Marquês de Pombal. Em 1630 a imagem de Nossa Senhora das Agonias, por ordem do Vaticano seguiu para Roma, ficando a povoação consagrada a Nossa Senhora do Desterro.
Fonte do histórico:
JAPOATÃ (SE). Prefeitura. Disponível em: https://www.japoata.se.gov.br/site/?alias=pmjapoata&p=cidade&a=historia. Acesso em: 26 mar. 2025.
Formação administrativa:
Elevado à categoria de vila com a denominação de Jaboatão, pela Lei Estadual n.º 583, de 23-11-1910, desmembrado de Pacatuba. Sede na povoação de Pacatuba. Constituído do distrito sede. Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede. Pela Lei Estadual n.º 960, de 20-10-1926, é transferida a sede municipal da antiga povoação de Pacatuba para a povoação de Jaboatão. Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município constituído do distrito sede. Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, município aparece constituído de 2 distritos Jaboatão e Pacatuba. Pelo Decreto-lei Estadual n.º 377, de 31-12-1943, revogado pelo Decreto de n.º 533, de 07-12-1944, o município de Jaboatão passou a denominar-se Japoatã. Sob o mesmo Decreto o distrito de Pacatuba passou a denominar-se Pacatiba. No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído do distrito Japoatã (ex-Jaboatão) e Pacatiba e (ex-Pacatuba). Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950. Pela Lei Estadual n.º 525-A, de 25-11-1953, é desmembrado do município de Japoatã o distrito de Pacatiba. Elevado à categoria de município com a denominação de Pacatuba. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2023.